Geologicamente, come è facile immaginare, Vivara fa parte della vastissima zona dei Campi Flegrei  insieme alle altre isole Procida ed Ischia.

Procida e Vivara sono costituite quasi completamente da vulcaniti esplosive, tranne per la parte nord-occidentale di Procida, quella del Pozzo Vecchio, in cui sono presenti materiali effusivi, le lave che possiamo osservare vicino alla costa.

L’area vulcanica di Procida, ormai estinta, è pianeggiante (l’altezza massima è di 91 metri nella zona di Terra Murata) ed estesa su un’area di circa tre chilometri per due. L’isola è caratterizzata da una costa frastagliata da piccole baie semicircolari, testimonianze dei suoi sette antichi vulcani.

Vivara fa parte del sistema vulcanico procidano più antico, comprendente anche il promontorio di Santa Margherita, sistema che definisce la conca centrale del Golfo di Genito.

La mancanza, nel cratere di Vivara-Santa Margherita, della parte sud-orientale è dovuta ad un episodio esplosivo seguente alla formazione della base del vulcano. Il vento e le mareggiate, in seguito, hanno contribuito all’ulteriore erosione della parte.

Il fondo del cratere è ad un massimo di 10 metri di profondità sotto il livello del mare ed i terrazzamenti di origine marina che presentano i segni dell’erosione dell’acqua testimoniano il fenomeno di emersione e sommersione dell’isola nel corso della sua storia.

Per quel che riguarda la stratificazione, quattro zone diverse sono visibili lungo i fianchi della parete del cratere.

La base dell’isola (circa un terzo della totalità) è formata da frammenti rocciosi (ialoclastiti), dovuti all’ammassamento seguito a eruzioni sottomarine di 40.000 anni fa.

Il successivo terzo dell’altezza totale è costituito da una fascia dovuta parte alla fase eruttiva di Vivara e parte a quella di Ischia; i depositi di pomice di questo strato sono, infatti, maggiori sul versante di Vivara che dà su Ischia.

La terza fascia è formata dai materiali derivanti dall’eruzione del vulcano procidano di Solchiaro di circa 18.000 anni fa.

Lo strato superficiale, infine, è formato da pomici e ceneri, ed è dovuto alle eruzioni esplosive dei Campi Flegrei risalenti a circa 15.000 anni fa.